消化科自1958年建院以来一直以专科小组的形式进行医教研工作，1984年经北医以及三院领导批准从内科分离出来成为北医三院消化科。现在我科共有病房、门诊、急诊、内镜室、X线室、和实验室等6部分。其中实验室包括病理室、细胞室、生化室、生理室、免疫室。这些组成确立了消化科的组织和领导形式，标志着消化科已形成一个完整、独立的诊疗和科研体系，这种体系在国内尚属首先创建，对消化系统疾病的医教研水平的提高具有重要意义。