国家卫生部于1999年下达兴建北京医科大学眼科中心建制批文后，经过2年多的筹建工作，于2001年10月在北京医科大学第三临床医院院内建造落成一座15000平方米的现代眼科中心大楼。北京大学眼科中心于2001年10月21日举行开幕典礼。
　　眼科中心的主要任务为医疗、教学（本科大学生、硕士生、博士生、博士后及眼科医生的继续教育）、科学研究。眼科中心面向社会，服务于全国的防盲治盲工作。该中心培养高水平的眼科医师及眼科专家，使我国眼科临床技能及眼科基础理论研究跻身于国际先进行列。该中心将成为国内及国际眼科学术交流中心。
　　眼科中心包括眼科医院、眼科研究所及防盲治盲部。
眼科医院设青光眼科、白内障科、眼外伤-人工晶状体科、玻璃体-视网膜病科、角膜病科、小儿眼科、眼成型科、视光医学科和眼底内科。病房病床80张，门诊设计800人次 / 日。
　　眼科研究所设眼科病理研究室、眼科生化研究室、眼科分子生物学研究室、眼科遗传病研究室、眼科免疫研究室、眼科药理研究室、眼库。
中华眼科学会原主任委员李凤鸣教授任眼科中心名誉主任；
　　世界眼科学会副主席、The Johns Hopkins University 眼科学教授曹安民博士任眼科中心主任。
　　眼科中心从国内外聘请了著名的眼科专家作为学科带头人，眼科中心现有员工104名，包括教授10位，其中博士导师5人，副教授8人，主治医师7位，住院医师13名，在读博士研究生7名，在读硕士研究生9名。护士及技术员48名。